Immunome Research

Table 2 Positional scanning combinatorial library derived matrix describing 9-mer binding to HLA A*0201.

From: Quantitative peptide binding motifs for 19 human and mouse MHC class I molecules derived using positional scanning combinatorial peptide libraries

	Position
Residue	1	2	3	4	5	6	7	8	9
A	0.114	0.002	0.431	0.895	0.377	0.715	0.334	0.259	0.105
C	0.032	0.002	0.222	0.201	0.758	0.435	0.260	0.178	0.005
D	0.008	0.002	0.465	0.915	0.114	0.211	0.149	0.161	0.003
E	0.015	0.030	0.037	0.647	0.193	0.838	0.536	0.492	0.038
F	1.000	0.004	0.630	0.359	0.322	0.364	0.696	0.784	0.084
G	0.089	0.009	0.098	0.537	0.270	0.152	0.194	0.358	0.008
H	0.005	0.002	0.270	0.168	0.184	0.207	0.345	0.164	0.002
I	0.121	0.057	0.537	0.321	0.300	0.843	1.000	0.082	0.327
K	0.114	0.012	0.016	0.372	0.182	0.088	0.041	0.199	0.002
L	0.054	1.000	0.568	0.661	0.263	0.555	0.346	0.357	0.181
M	0.251	0.186	1.000	0.291	1.000	0.363	0.353	0.264	0.075
N	0.067	0.006	0.159	0.823	0.329	0.725	0.385	0.177	0.003
P	0.003	0.003	0.056	0.792	0.109	0.328	0.957	1.000	0.003
Q	0.019	0.140	0.200	0.582	0.104	0.566	0.703	0.190	0.002
R	0.084	0.002	0.019	0.233	0.220	0.128	0.072	0.306	0.002
S	0.103	0.009	0.167	1.000	0.179	0.190	0.533	0.377	0.008
T	0.094	0.038	0.145	0.189	0.199	1.000	0.236	0.267	0.015
V	0.062	0.098	0.246	0.282	0.263	0.734	0.284	0.243	1.000
W	0.057	0.002	0.584	0.637	0.331	0.197	0.628	0.352	0.005
Y	0.107	0.008	0.875	0.303	0.235	0.150	0.946	0.609	0.002
Average	0.054	0.012	0.203	0.440	0.249	0.348	0.347	0.287	0.013
SD	3.9	6.6	3.3	1.8	1.8	2.1	2.3	1.8	7.4
SF	2.28	10.36	0.61	0.28	0.49	0.35	0.35	0.43	9.42

Library average: 0.123

Back to article page